少額譲渡益非課税制度とは、長期保有株式の売却益（譲渡益）を１００万円まで非課税とする制度です。租税特別措置法の改正により、２００１（平成１３）年１０月１日に導入されました。

少額譲渡益非課税制度の対象となる株式は、長期保有（保有期間１年超）の上場株式および店頭登録株式です。この長期保有株式の譲渡益について、年間１００万円まで非課税となります。適用期間は、２００１（平成１３）年１０月１日から２００５（平成１７）年１２月３１日までです。

≪課税方法≫

通常、売却益には税金がかかります。課税方法については、２００２（平成１４）年１２月３１日までは申告分離課税と源泉分離課税のどちらかを選択して行われます。
※２００３（平成１５）年１月から、源泉分離課税は廃止され、申告分離課税に一本化となります。

少額譲渡益非課税制度は、申告分離課税を選択した場合に限り適用される制度です。
申告分離課税を選択した場合の税金は、売却益×２６％です。売却益が１００万円のとき、これまでの制度では税金は２６万円ですが、少額譲渡益非課税制度が適用されると、０円（非課税）となります。売却益が１００万円を超える場合には、その差額が課税対象額となります。

申告分離課税とは、売却益の２６％（所得税２０％、住民税６％）を、確定申告を通じて納税する方法です。
一方、源泉分離課税とは、売却代金の５．２５％を売却益とみなし、この２０％を税額とする方法です。したがって、売却代金の１．０５％（０．０５２５×０．２＝０．０１０５）が源泉徴収されます。

参考 ： 証券税制改正（平成１３年度税制改正大綱）

≪制度の廃止≫

少額譲渡益非課税制度は、２００２（平成１４）年１２月の「平成１５年度税制改正大綱」により、２００３（平成１５）年１月１日に廃止となりました。

参考 ： 証券税制改正（平成１５年度税制改正大綱）